La historia de Fuenlabrada está muy ligada a sus fuentes. De una fuente labrada a cal y canto, hoy desaparecida, tomó el nombre Fuenlabrada. El documento más antiguo que existe en al Ayuntamiento es del año 1571 y se trata de una pragmática tasando los precios del trigo, la harina y el pan cocido. La historia del origen de Fuenlabrada viene de las repoblaciones que en el siglo XII hacían los reyes castellanos cuando conquistaban pueblos y ciudades. De hecho, Fuenlabrada nace de aldeas como Loranca y Fregacedos. En el siglo XIV los habitantes de esas aldeas tuvieron que desplazarse hasta lo que hoy se conoce como casco antiguo de Fuenlabrada debido a los robos que sufrían por parte de las aldeas vecinas.

En el siglo XVI Fuenlabrada era una aldea incorporada al alfoz de Madrid. Su desarrollo se vio muy limitado debido a la escasez de agua, ya que su fuente principal se agotó y debían recorrer cuatro kilómetros en busca de agua hasta el manantial de Fregacedos. Esto se solucionó en el siglo XIX con la canalización.

El desarrollo urbano de Fuenlabrada comenzó en los años 70 con motivo de reducir la concentración poblacional urbana. Muchos de los nuevos habitantes eran familias jóvenes y trabajadoras que procedían del centro de España.

Existe un hecho anecdótico con la ciudad de Fuenlabrada. En 1948 el Rey Juan Carlos realizó una parada en Fuenlabrada cuando llegó a España para completar su educación bajo la tutela franquista. La parada en un primer momento iba a ser en Villaverde, pero se trasladó a Fuenlabrada por motivos de seguridad.